調査の具体的流れ
◆まず連絡が入ります。。
税務調査は基本的には、
事前に、「いついつに伺います」との
連絡が税務署より入ります。
ただ、突然、予告もなく入ることも、
ないとは言い切れません。
まぁ、よほどのことがない限り、（何かつかんでない
限り、）突然来ることはマレだと思います。
で、基本的には事前に連絡があり、
法人の場合は、ここで顧問税理士に連絡して、
税理士にも調査当日に立ち会ってもらうことが多いのですが、
個人で事業している人は
顧問税理士なんか抱えていないことがほとんどですので、
自分で何とかしないといけません。
◆いよいよ調査当日です。。
税務調査官が来たら、
誠実に対応するように心がけてください。
「何しに来た。コノヤロー」
的なケンカ腰な対応はヤメてくださいね（笑）。
心証が第一です。
心証が第一です。
↑大事なことなので2回言いました。
相手も人間です。
感情的にぶつかっても、イイことは何もないです。
◆調査の方法
まぁ、ケースバイケースですが、一般的には、
通帳や領収書、帳簿などが、つぶさに見られます。
個人事業の場合、
なんといっても厳しくチェックされのは、
経費の中に、私用のものが含まれていないか、です。
事業用と私用で共通の費用は、
しっかりと按分して経費計上されてるか、とかですね。
主張すべきところは、しっかり主張しましょう！
調査官が言うことが絶対正しいわけではなく、
「自分はこう考えたので、経費をこう計上した」
と、言うべきところは言いましょう。
要は、調査官に納得してもらえればイイんです。
まぁ、そのためにも証拠書類（領収書とか）や、
按分の計算根拠なんかもしっかりと残しておくべきなんですけどね。
たま～に、経費なんて「何でもかんでも多目に計上して、それがバレて指摘されれば追加で税金を払えばイイんだよ」、、みたいな無責任なことを言ってる人がいますが、そんなのを鵜呑みにしないでくださいね。
それが通用すれば、だれも真面目に経理なんかしません。
「追加で税金～」なんて、そんな甘いものではなく、数々の加算税（ペナルティ）が課されたり、延滞税（利息ですね）が過去何年かに遡ってかけられると、結構な額になったり、次回以降の調査の頻度が増すなど、イイことは何1つありません。
◆調査の結果
何も問題なければ、「是認」－つまり申告内容でOK－と
いうことで、追加納税もなく終了します。
お疲れ様でした。(^o^)／
ただ、何らかの問題（→追加納税）がある場合は、
・自らその部分を直して修正申告し、納税する
・税務署側が一方的に追加納税を言ってくる
（「更正」といいます）
の2パターンがあります。
ちなみに、税務署側は上記のうち、
「修正申告」のパターンを望んできます。
納税者側（あなた）が納得して、修正して自ら申告してくれた方が
税務署側（むこう）は、手がかからないのです。
「更正」の場合には、裁判だのなんだので、面倒くさいことになる可能性がありますから、税務署側としても、早く「修正申告」で手打ちして終わらせたいのです。